Las aplicaciones que se ejecutan al inicio tienen un archivo de
configuración en el directorio /etc/xdg/autostart. Algunos de estos
archivos de configuración tienen la variable NoDisplay=true, por lo
que no aparecen en el listado de Aplicaciones al inicio, y por tanto no
se pueden desactivar a golpe de ratón.
Si queremos que estas aplicaciones se muestren y así poder desactivarlas mediante la interfaz gráfica, ejecutamos:
$ sudo sed -i 's/NoDisplay=true/NoDisplay=false/' /etc/xdg/autostart/*
Si además queremos que cada vez que instalamos un programa se ejecute
este comando, podemos incluirlo en el archivo /etc/apt.conf:
sed -i 's/NoDisplay=true/NoDisplay=false/' /etc/xdg/autostart/*
Referencias
» Tip: Como ver las aplicaciones que se ejecutan al inicio en Ubuntu